9月1日、地下競売場から人々が忽然と姿を消し、お宝がなくなった！？　その行方をめぐり幻影旅団が残虐なる姿を現し始め、騒然となるヨークシン。一方ゴンは、幻のゲーム入手のため金策に励んでいたが…。

頭を取ってもクモは死なない…。ついに団長を捕えたクラピカだが、旅団はいつでも頭を切り捨てられる集団であることを悟る。だが、ゴンとキルアを救うため、団長の人質としての価値に賭けることにするが！？

最低落札希望価格89億ジェニー！！　伝説のハンター専用ゲーム「グリードアイランド」の落札資金稼ぎは残り3日！　高額な懸賞金のかかった旅団の情報を集めつつ、凝による掘り出し物探しをするゴンらだが…！？

出口がないなら作るまで！！　壁をぶち破り旅団のアジトから脱出したゴンとキルア。一方クラピカは、十老頭が雇った暗殺チームに加わり旅団を追う事に。だがついに団長自らが動き始め、復讐劇の幕が上がった！！

死体は偽物！　ヒソカの密告で旅団の生存を知ったゴンら。さらなる復讐にかられるクラピカだが、その身は旅団にとっても復讐の的。互いの想いが交錯する中、クラピカを、そして旅団をも止めたいゴンは…！？

父と同じハンターになるため、そして父に会うため、ゴンの旅が始まった。同じようにハンターになるため試験を受ける、レオリオ・クラピカ・キルアと共に、次々と難関を突破していくが…！？

ナックルとシュートを倒し割符を奪う…！！　期限は1か月！！　それがネテロ会長が出したNGLへ戻る条件。ゴンとキルアはビスケの下、さっそく猛特訓を開始した。一方、NGLでは討伐部隊が動き始めたが！？

一日50体の人間を…！！　王を産む準備に入り、より多くの餌を欲するキメラアントの女王。そのあまりに危険な隔離指定生物の存在を予感したカイトは、ゴン達を連れ謎多きエコ団体、NGL自治国へ赴いたが！？